Die meisten Infektionen mit Borrelien verlaufen unbemerkt. Falls es jedoch zu Beschwerden kommt, sind diese sehr unterschiedlich und können zu verschiedenen Zeitpunkten einzeln oder in Kombination auftreten. Dadurch ist eine Borreliose nicht immer leicht zu erkennen.
Ein typisches Zeichen, das bei etwa 90% der Fälle auftritt, ist die sogenannte Wanderröte (Erythema migrans). Dabei handelt es sich um eine mindestens 5 cm große ringförmige Hautrötung, die üblicherweise in der Mitte blasser ist als am Rand und sich über Tage langsam nach außen verbreitet. Die Wanderröte entwickelt sich drei bis 30 Tage nach dem Zeckenstich im Bereich der Einstichstelle. Sie kann aber auch an anderen Körperstellen, wie Beinen, Kopf oder Hals, auftreten. Fieber, Lymphknotenschwellungen, Muskel- und Gelenkschmerzen sind im weiteren Verlauf der Erkrankung zusätzlich möglich. Wesentlich seltener und überwiegend bei Kindern kommt es zu knötchenartigen oder blauroten Schwellungen der Haut. Diese Hautveränderungen finden sich vor allem am Ohr, an den Brustwarzen oder im Genitalbereich.
In Einzelfällen kann es zu einer chronischen Entzündung der Haut (Acrodermatitis chronica atrophicans) kommen. Dabei verändert sich die Haut an den Innenseiten von Armen, Beinen, Fingern oder Zehen und wird im Verlauf papierdünn und bläulich.
Wenn die Borrelien das Nervensystem befallen, spricht man von einer Neuroborreliose. Diese tritt etwa bei drei von 100 Erkrankten auf. Beschwerden einer Neuroborreliose beginnen meist wenige Wochen bis Monate nach dem Zeckenstich. Typisch sind brennende Nervenschmerzen, die sich vor allem nachts verschlimmern. Oft gehen damit ein- oder beidseitige Gesichtslähmungen einher. Auch entzündliche Nervenreizungen sind möglich, die zu Taubheitsgefühlen, Seh- oder Hörstörungen und in seltenen Fällen zu Lähmungen des Rumpfes, der Arme oder der Beine führen. Bei Kindern äußert sich die Neuroborreliose häufiger in Form einer nichteitrigen Hirnhautentzündung, die mit starken Kopfschmerzen oder plötzlichen Gesichtslähmungen einhergehen kann. Sehr selten kann sich auch über Monate bis Jahre eine späte Neuroborreliose entwickeln.
Bei etwa fünf von 100 Erkrankten treten Gelenkentzündungen (Lyme-Arthritis) auf. Sie betreffen am häufigsten die Kniegelenke, seltener Sprung- oder Ellenbogengelenke und verlaufen in der Regel schubweise und wiederkehrend.
Sehr selten kann im Verlauf der Erkrankung auch das Herz betroffen sein, wobei es zu Entzündungen oder Rhythmusstörungen des Herzens kommt.
